Thần Y Hoa Đà xoay quanh cuộc đời của một thầy lang tài giỏi với tấm lòng nhân hậu. Từ nhỏ, Hoa Đà đã say mê y học và quyết tâm trở thành một bác sĩ giỏi để giúp đỡ người nghèo. Với tư chất thông minh và cơ duyên, ông đã bái một danh y làm sư phụ và nên duyên vợ chồng với Trương Diệu Tâm.
Khi gặp một bệnh nhân sốt triền miên do Quan Vân Trường đưa đến, Hoa Đà phát hiện đây là một chứng bệnh lạ. Ông nhanh chóng kết hợp các phương pháp trong sách y học để nghiên cứu và tìm ra cách chữa trị hiệu quả. Sau khi thành công, danh tiếng của Hoa Đà vang xa, nhưng đồng thời cũng gây ra nhiều rắc rối. Những kẻ ganh ghét đã lập mưu hãm hại ông, khiến Hoa Đà và vợ phải trốn chạy đến một vùng đất mới.
Tại nơi mới, Hoa Đà tiếp tục hành nghề y và giúp đỡ những người bị bệnh nặng. Tuy nhiên, kết quả không always như mong muốn, và ông bắt đầu chịu nhiều tiếng xấu. Sự nghiệp của ông dần xuống dốc. Mãi đến khi ông giúp Tào Tháo chữa dứt căn bệnh lâu năm cho con trai, tài năng của Hoa Đà mới được công nhận. Sau đó, ông được phong làm Thái Y Viện Giám, và có cơ hội tổng hợp kiến thức để viết nên cuốn sách nổi tiếng “Y học đại toàn”.