Nhật Đế Nguyệt Hậu là câu chuyện xoay quanh Vương Vô Kỵ, một cao thủ võ thuật có danh tiếng vang dội giang hồ sau khi tiêu diệt Luyện Bích Tà và Lôi Cương cùng với Liễu Tiên Nhi và Túy Oa. Tuy nhiên, sau chiến thắng, nhóm của Vô Kỵ trở nên trầm lặng và quyết định rời xa giang hồ để du ngoạn.
Tragedy ập đến khi Liễu Tiên Nhi bị Lãnh Nguyệt Giáo bắt và sát hại trong cuộc giao tranh giữa Liệt Dương Giáo và Lãnh Nguyệt Giáo. Vương Vô Kỵ thề sẽ trả thù cho người yêu. Trên đường đi, chàng gặp Đông Đông – người giống hệt Tiên Nhi và nảy sinh tình cảm.
Vương Vô Kỵ luyện phần sau của Cửu Tiêu Chân Kinh và công lực tăng lên đáng kể. Lãnh Nguyệt Giáo và Liệt Dương Giáo liên thủ, luyện Cùng Thương Bảo Giám Thần Công, tạo ra Nguyệt Hậu và Nhật Đế. Hai cao thủ này quyết định đối đầu với Vương Vô Kỵ trong một trận chiến sinh tử.