Em Gái Của Bạn Tôi Đang Chọc Tức Tôi! xoay quanh cuộc sống của Akiteru Oboshi, một học sinh trung học không mấy quan tâm đến những trải nghiệm tuổi trẻ thông thường như vui chơi, kết bạn, hay yêu đương. Đối với Akiteru, những thứ này chỉ là sự lãng phí thời gian.
Mọi thứ thay đổi khi em gái của bạn thân cậu, Iroha Kohinata, liên tục xuất hiện và trêu chọc cậu. Iroha có thói quen bám dính vào Akiteru, cứ như thể cô ấy đã biến phòng của cậu thành nơi ở của mình. Cô ấy luôn nằm trên giường cậu, khiến Akiteru cảm thấy vô cùng phiền phức.
Akiteru không hiểu tại sao Iroha chỉ trở nên phiền toái khi ở cạnh cậu. Liệu có gì hơn trong hành vi của cô ấy, hay đơn giản là cậu không thể hiểu được em gái của bạn thân mình? Bộ phim sẽ khám phá mối quan hệ giữa hai nhân vật này và những cảm xúc phức tạp mà họ trải qua.