Luyện Khí Mười Vạn Năm xoay quanh câu chuyện về Từ Dương, một đệ tử khai sơn của Thiên Lam Tông – một trong những tông môn vang dội nhất giới tu chân mười vạn năm trước. Khi đó, các đệ tử của Thiên Lam Tông đều được xem là những đứa con của trời, thường đánh đâu thắng đó. Tuy nhiên, Từ Dương lại là ngoại lệ, ông vẫn đang ở Luyện Khí kỳ.
Để đột phá tu vi và sớm ngày phi thăng, Từ Dương quyết định bế quan vạn năm. Ai ngờ, trong thời gian dài bế quan đó, giới tu chân đã trải qua nhiều biến động và dần xuống dốc. Thiên Lam Tông, một thời hùng mạnh, nay chỉ còn vài ba đệ tử và đang đứng trước nguy cơ diệt tông.
Thấy tình cảnh đáng thương của tông môn, Từ Dương buộc phải xuất quan. Ông đánh bại các cường địch để bảo vệ tông môn và thề sẽ dẫn dắt Thiên Lam Tông quay về đỉnh cao như xưa. Với quyết tâm và sức mạnh tích lũy được trong vạn năm bế quan, Từ Dương bắt đầu hành trình khôi phục lại vinh quang cho Thiên Lam Tông.