Trái Tim Bé Bỏng xoay quanh câu chuyện của Mai, một cô gái 16 tuổi sống ở vùng biển nghèo. Cô có tình cảm với Đen và cả hai dự định sẽ cưới nhau. Tuy nhiên, do cuộc sống khó khăn, họ phải trì hoãn kế hoạch. Mai sau đó bị bà Tư thuyết phục ra thành phố để học may và kiếm sống, nhưng không may cô bị lừa bán và trở thành gái điếm.
Mai có một em trai tên Minh, cậu bé cũng mong muốn ra thành phố để đổi đời. Khi biết mình bị nhiễm HIV, Mai quyết định trở về nhà để ngăn Minh không bước vào con đường sai lầm mà cô đã trải qua. Cô hy vọng có thể bảo vệ em trai và giúp cậu tránh khỏi những sai lầm.
Tuy nhiên, khi Mai trở về làng, cô phát hiện Minh đã lên xe theo bà Tư ra thành phố. Mai giờ đây phải đối mặt với thực tại phũ phàng và tìm cách để cứu em trai mình. Phim khắc họa một câu chuyện đầy cảm động về tình chị em và khát vọng đổi đời trong một xã hội đầy thách thức.